Enmascaramiento rápido de sitios de unión repetidos en genomas eucarióticos

Enmascaramiento rápido de sitios de unión repetidos en genomas eucarióticos

 

GM_PRIMER3

 

Con GenomeMasker, la secuencia se puede enmascarar con cualquier carácter definido por el usuario; sin embargo, el estilo de enmascaramiento más útil es con letras minúsculas. El enmascaramiento en minúsculas mantiene la secuencia. información en regiones enmascaradas y permite la imprimación posterior diseño a partir de la secuencia enmascarada incluso si algunos cebadores se superponen
con nucleótidos enmascarados. Para aprovechar el enmascaramiento en minúsculas secuencia, hemos modificado el conocido programa PRIMER3. La funcionalidad general y el algoritmo del programa es el
Igual que en el PRIMER3 original, pero hemos agregado una nueva función de filtrado que rechaza los candidatos de primer con letras minúsculas.
en su extremo 3′ y nuevos parámetros para el cálculo de la temperatura de fusión de los cebadores. Aunque la versión estándar del PRIMER3 usa el modelo vecino más cercano para calcular la temperatura de fusión, la los parámetros utilizados para eso son bastante antiguos. Reemplazamos los parámetros del vecino más cercano con un conjunto más nuevo, agregamos la fórmula de corrección de sal dependiente de la secuencia y la corrección para concentración de cationes bivalentes.

 

Primer3 Input